Hormon tedavisi sırasında uyulması gereken kurallara uyulmadığı takdirde istenmeyen bazı yan etkiler oluşabilir. Bu kuralların biri de tedavinin ne kadar sürdürülmesi gerektiğiyle ilgilidir. Yakın geçmişe kadar süre belirlenmiş değildi, ancak son yıllarda yapılan geniş bilimsel araştırmalar sonucunda hormon tedavisine başlanılırsa bile 5 yıldan daha fazla kullanılmaması önerilmiştir. 5 yıl süre ile hormon tedavisinde meme kanseri riski en azdır, ancak daha uzun süreli kullanımlarda bu riskin arttığı sanılmaktadır.
Hormon tedavisine başlayan menopoz hastalarının %75’i 1.yıl sonunda kendiliklerinden ilacı kesmektedir. Bu durumda diğer tedavi yöntemlerinin de gözden geçirilmesinin önemi açıktır.