Adet düzeninde ve gebelik sırasında en önemli düzenleyici olan östrojen ve progesteron hormonları beyinde baş ağrısı ile ilgili kimyasal süreçlerde de önemli rol oynarlar.
Östrojen seviyeleri beyindeki ağrı mesajlarını düzenleyen serotonin üzerinde etkilidir. Yüksek östrojen baş ağrılarını azaltabilir, eğer östrojen düşükse baş ağrıları artabilir.
Adet öncesinde östrojen seviyeleri düşünce ağrıya duyarlılık artar. Bu nedenle migren hastası olan kadınların %60’ında adet öncesi baş ağrıları artmaktadır. Gebelik sırasında ise artan östrojen nedeniyle migren ağrılarının azaldığı gözlemlenmiştir. Doğumdan sonra ani östrojen düşüşü ise baş ağrısını tetikleyebilir. Emzirme başladıktan bir müddet sonra östrojen seviyeleri sabitleşince ağrıya duyarlılığı azaltan diğer hormon seviyeleri yükselerek yine baş ağrısında azalma gözlenir. Menopoz sırasında migrende azalma görülse de gerilim baş ağrıları artabilir, dolayısıyla menopozda baş ağrısında azalma veya artma eşit oranda gerçekleşebilir.
Her kadında hormonlara duyarlılık farklı olabileceğinden baş ağrıları günlük aktiviteleri kısıtlayacak derecede olursa tıbbi yardım istemek gerekir.